Zonas extra – Zona 12 y Zona 13

Al completar el juego (el nivel final que es la Zona 10-04), podrás desbloquear dos nuevas zonas especiales para jugar. En la Zona 12 la velocidad es alrededor de 50% más rápido de lo habitual, lo que hace más difícil el juego a medida que tienes que ir mucho más rápido. La Zona 13 también se desbloqueará; que es una zona donde los niveles son infinitos y su razón principal para estar allí es conseguir una alta puntuación. (Tenga en cuenta, sin embargo, que la Zona 13 todavía te permite con éxito Trozei los Pokemon.)

Zonas extra: -o6 y -05

Hay dos etapas adicionales, ocultos que puedes jugar en cada zona. Para reproducir una de las etapas ocultas (se anexa con  «-06»), es necesario obtener una puntuación A-Rank o mejor en los demás niveles de la citada zona. Para reproducir la otra etapa oculta (se anexa «-05»), debes obtener un puntaje S-Rank en los otros niveles de la citada zona. Zona 11 se excluye de estas condiciones, sin embargo, sus etapas se irán desbloqueando a medida que juegas y ganas el juego.

Zona 11 – Jungla Safari

Jungla Safari es un área única en el juego que contiene diferentes Pokemon en cada una de sus tres etapas en diferentes días. No encontrarás el mismo Pokemon el lunes que el domingo. (Pokemon Battle Trozei utiliza el calendario de Nintendo 3DS para determinar el día, por cierto.)  desbloquearas una nueva etapa en esta Zona, completando la Zona 3, otra al terminar la zona 6, y la fase final al completar el juego, con la dificultad de cada etapa cada vez mayor.