Pokemon Rumble U es la historia de una gran aventura con jueguetes Pokémon, que comienza cuando una entrega de jueguetes Pokemon es arrastrado por un río. Nuestros héroes Pokemon desconcertados dispusieron a encontrar su camino de regreso a la tienda de juguetes Pokemon. En el camino descubren que no todo está bien. Los jugadores aprenderán por qué algunos de los Pokémon de juguete están luchando entre sí, y lo que los Pokémon enemigos están tramando.